Чехоня - мешканка відкритої глибокої води. Влітку тримається переважно в товщі води, але часто піднімається до поверхні, полюючи за повітряними комахами або дрібними рибами, або, навпаки, опускається на дно. Улюблені місця - глибоководні стремнини поблизу вирів, місця під кручами з чагарниками, з яких у воду падають різні комахи, які є кормом чехоні. Однак близько до берегів вона не підходить. Тримається звичайно зграями на середній і швидкій течії, тихих заплав уникає. Днем знаходиться в постійному русі, проте веде осілий спосіб життя, тобто особини однієї зграї постійно освоюють певну ділянку водойми. Вночі вони невеликими зграйками ховаються за укриття на помірній течії - поглиблення дна річки за перекатами, за поваленими деревами в воду, невеликими острівцями. Зі зниженням температури води стада перекочовують на ями з уповільненою течією, де й мешкають в зимовий час, ведучи малорухливий спосіб життя. Навесні перед розмноженням зграї чехоні здійснюють тривалі пересування вгору за течією річок, заходячи під час розливу й у їх заплави.

Ікрометання спостерігається при температурі води 15-20 °C. Може нереститися як на мілководних перекатах прибережній частині заплави, так і в самому руслі річки, що залежить від рівня підняття паводкових вод. Глибини на нерестовищах не перевищують 1 м. Місця нересту покриті луговою трав’янистою рослинністю та рідкісним чагарником. Оболонки вимітаної ікри чехоні неклейкі й, сильно набухаючи, ікра стає плавучою й легко зноситься течією з місць нересту. Зародки розвиваються в ікрі в процесі її дрейфу (спливання за течією) у товщі води.

Чехоня дуже вимоглива до умов розмноження. Вона нереститься в місцях із значними швидкостями течії води, на ділянках з щільно задернованим дном, протягом двох-трьох діб, що залежить від температури води. Личинки, що вилупилися з ікри, зносяться течією. Поблизу нерестовищ і в заплаві вони можуть бути до кінця паводку. Разом зі стоком паводкових вод у русло річки потрапляють і личинки, які протягом місяця перетворюються на мальків.

Самці чехоні беруть участь у нерест починаючи із дво-, трирічного віку, самки - в трьох-, чотирьохрічного. Серед особин одного віку самці дозрівають раніше самок, коли довжина їхнього тіла перевищує 20 см. Плодючість самок із збільшенням їх розмірів зростає. Наприклад, самка чехоні з Дністра довжиною 23,5 см мала близько 4,6 тис. ікринок, а довжиною 44,5 см - понад 72,3 тис. Вся ікра виметується одночасно.

Зростає чехоня досить швидко. Найбільш інтенсивно - у перші роки життя, з настанням статевої зрілості темп зростання знижується. Наприклад, у нижній течії Південного Бугу довжина тіла чехоні на першому році життя становила в середньому 7,5, на шостому - 33,6 см. У даний час довжина найбільш великих особин чехоні з Дніпра в віці дев’яти років не перевищує 45 см при масі дещо більше 800 г, хоча раніше тут виловлювали риб, довжина яких перевищувала 70 см.

У міру зростання й розвитку харчування чехоні змінюється. Якщо личинки живляться переважно дрібними тваринами, що мешкають у товщі води (дрібні рачки, коловертки), то пізніше риба переходить на харчування личинками комах і їх дорослими формами, а також іншими рибами (тюлька, плотва, ялець, верхівка, піскар та інші). У період розмноження майже не харчується, зате після нересту харчується досить інтенсивно. При низькій температурі води - пізньої осені та взимку - припиняє харчування. Протягом доби чехоня найбільш інтенсивно харчується в ранкові та передвечірні години. На жертву накидається з жадібністю, не полохливі, звертає увагу на все, що плаває на поверхні води й зовні схоже на кормові об’єкти. На риб нападає раптово, часто плаваючи з майбутньою жертвою в одній зграї. Після упіймання риба йде в глибину, але незабаром знову з’являється поблизу зграї, непомітно пристроївшись до неї збоку або ззаду, вибираючи чергову жертву. Іноді проявляє активність і вночі.

У водоймах України чехоня зустрічається в нижніх течіях Дунаю, Дністра, Південного Бугу, Дніпра, а також у прилеглих до них осолонених ділянках - лиманах. У значних кількостях виловлюється в Дністровському лимані. Зрідка виявляється в Сіверському Донці. Нечисленна в річках Закарпаття й у деяких водосховищах Криму.