Для боротьби з синьо-зеленими водоростями потрібно підібрати оптимальний режим утримання акваріума, зменшити яскравість освітлення, обмежити аерацію. Дуже корисно пустити на поверхню води побільше плаваючих рослин. Підміну води проводити не слід. У таких умовах водорості гинуть через 2-3 тижні. Швидкого успіху в боротьбі з водоростями можна досягти за допомогою антибіотиків і різних барвників.